انتصابات حساس در دولت آتی، از همینک نشانه‌هایی از تأثیرگذاری چشمگیر چهره‌های نظامی، به‌ویژه در ارکان امنیتی کشور، را نمایان ساخته است. شواهد اولیه حکایت از آن دارد که محمدباقر ذوالقدر، به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی، در حالی معرفی خواهد شد که فشار مستقیمی از سوی فرماندهان ارشد سپاه پاسداران بر مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهور منتخب، اعمال شده است. این جریان، پرسش‌های جدی را درباره میزان استقلال قوه مجریه در تعیین اعضای کابینه و نقش نهادهای نظامی در ساختار حاکمیتی مطرح می‌سازد. تعیین جایگاه‌های استراتژیک، مانند دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی که نقشی حیاتی در تدوین راهبردهای کلان امنیتی، سیاسی و دفاعی کشور ایفا می‌کند، نیازمند رویکردی مبتنی بر کارشناسی و بی‌طرفی است. اما ورود چهره‌های نزدیک به سپاه به این مناصب، تحلیلگران را بر آن داشته تا در باب میزان واقعی اختیارات دولت آینده و اثرگذاری آن بر سیاست‌های داخلی و خارجی ایران، با دیدگاهی واقع‌بینانه تأمل کنند. این نحوه انتصاب، در حالی که انتظار می‌رود رئیس‌جمهور منتخب، تیمی مستقل و متخصص را برای پیشبرد برنامه‌های خود گردهم آورد، اعتبار استقلال قوه مجریه را با چالش مواجه می‌سازد و جامعه را به بازنگری در روابط میان دولت و نهادهای نظامی فرا می‌خواند.