از اوایل دهه شصت خورشیدی، حضور در گردانهای سپاه در اواخر جنگ، نقطه آغازی برای شکلگیری روابطی بود که بعدها در تار و پود قدرت نفوذ کرد. این دوران، شاهد ارتباط او با چهرههای برجستهای شد که بعدها در سپاه و دستگاه امنیتی به مناصب بالایی دست یافتند. بعدها، در انتخابات سال ۸۴، نام مجتبی خامنهای برای اولین بار به شکلی جدی در عرصه عمومی مطرح شد؛ زمانی که یکی از نامزدها، دخالت او را در سازماندهی آرا به سود نامزدی خاص متهم کرد. این رویداد، آغاز آشکار شدن نقش او به عنوان بازیگر پشت صحنه در معادلات سیاسی اصولگرایان بود.
با اوجگیری اعتراضات مردمی در سال ۱۳۸۸، نام مجتبی خامنهای بیش از پیش در میان معترضان بر سر زبانها افتاد. او به عنوان یکی از عوامل موثر در مدیریت نیروهای امنیتی و سرکوب شناخته شد، تا جایی که برخی رسانههای بینالمللی نیز از واگذاری کنترل نیروی شبهنظامی بسیج به او خبر دادند. این نفوذ، نقشی حیاتی در سازماندهی نیروهای سرکوب در آن مقطع ایفا کرد. پس از این وقایع، نقش او نه تنها کاهش نیافت، بلکه با تبدیل بیت رهبری به مرکز فرماندهی امنیتی، تقویت نیز شد. او به عنوان پل ارتباطی میان دفتر رهبری و فرماندهان سپاه، شبکهای از مدیران امنیتی را تثبیت کرد که استمرار بقای حکومت بر آن استوار است.
تحلیلگران بر این باورند که نفوذ مجتبی خامنهای در ساختار قدرت، به ویژه در انتصاب و تغییر نسل فرماندهان سپاه، نقش تعیینکنندهای داشته است. این روند، در حالی که برخی آن را لازمه استحکام قدرت میدانند، از دیدگاه منتقدان، نماد تمرکز قدرت در حلقه محدودی از نهادهای نظامی و امنیتی است. این تمرکز، به عقیده آنها، یکی از عوامل اصلی تشدید بحرانهای سیاسی و اجتماعی در کشور محسوب میشود. در شرایطی که بحرانهای اقتصادی و اجتماعی رو به فزونی است و شکاف میان حکومت و جامعه عمیقتر شده، نام مجتبی خامنهای همچنان در بطن مباحث مربوط به آینده ساختار قدرت در ایران قرار دارد.
